Создать «отклонение» для стандартного пакета с помощью dpkg
Например, стандартный firefox обзываем firefox.unuse, а в качестве основого будем использовать firefox-esr

sudo dpkg-divert --divert /usr/bin/firefox.unuse --rename /usr/bin/firefox

Подробнее можно посмотреть тут: https://debian-help.ru/index/upravlenie-paketami-debian/#divert